民国23年（1934年）7月，在广西省立医学院的暂行组织大纲中规定，学院设秘书，秘书室下设文书、注册、庶务、会计、斋务五课及图书馆。民国24年（1935年）9月，秘书室改称院务处，注册、斋务、庶务三课改称教务课、训育课、事务课，会计课改称会计室。学院还负责管理附属医院及南宁卫生事务所的事务。

    民国25年（1936年）7月，学院改隶广西大学，称广西大学医学院。在此期间，学院行政机构无大变化。

    民国26年（1937年）2月，广西大学医学院改为广西军医学校后，学校设教育（后改为教务）、总务二科，教务科管辖课务、统计二股以及编辑部、图书馆、各科教室（当时教学组织称为教室）；总务科管辖会计、文书、保管、庶务四股。同时为管理便利，将学生分为若干队。

    民国28年（1939年）4月，广西军医学校改称广西省立医药专科学校。同年9月，又恢复广西省立医学院旧称。医药专科学校时间很短，行政机构无大变化。恢复广西省立医学院后，行政组织机构进行重新调整，设总务、教务、训导三处及会计室等机构，总务处下设文书、庶务二组，教务处下设注册、出版二组、图书馆及各科教室，训导处下设体育卫生、生活管理、课外活动三组；民国31年（1942年），学院组织机构进行调整，增设院长室。1949年，桂林解放前夕，设立临时处理会，处理全院院务，11月底解放军接管学院，成立新临时处理会，协助军代表共同管理院务，同时取消训导处，其他组织机构无大变动。同年12月1日，成立校务委员会（后改为院务委员会），取消临时处理会，校务委员会是学院行政决策机构。1950年成立生活辅导组。

    1952年，设人事科、政治辅导科（后改为宣教科），1954年，除保留教务、总务二处外，增设政治辅导处（1955年10月撤销）。教务处下设教务、注册、出版三组及图书馆，总务处下设文书、财务、生活管理三组；政治辅导处下设人事、宣教二科。同时院长室改称院长办公室。1954年后，按照工作需要学院组织机构调整频繁，先后设置了行政事务科、教材科、膳食科，生产实习科、生产管理科、生活管理科等。1960年之前，这些机构有的被合并，有的被废除，有的又重新设置或改换名称。1960年3月，设人事处，下设人事、保卫、学生、档案四科。同年10月学院行政机构进行调整，取消处级建制，实行院科两级管理。调整后的机构设置有秘书科、人事科、保卫科、学生科等，1961年7月，恢复院长办公室机构，院长办公室管辖教务科、财务科、教材供应科、生活管理科、保健科、图书馆等部门。1962年10月，学院又恢复处级建制。

    1968年12月，学院革命委员会成立，原有的行政机构撤销，革委会下设办事组、政工组、医教组、后勤组、斗批改组（1973年撤销）。各组下设若干小组，分管各方面的具体工作。

    1979年6月，学院机构体制改革，撤销革委会四大组，恢复处级机构。当时行政组织机构设置有医学院办公室；人事处（与组织部合署办公），下设人事科、保卫科、学生科；教务处，下设教务科、师资科、电教组；总务处，下设财务科、总务科、膳食科、供应科、医务室、校办厂（药厂、修配厂、印刷厂）；科研处，下设科研科、学报编辑室；图书馆；留学生工作办公室等。

    进入80年代以来，学院不断调整和完善原有的行政管理机构，并根据工作的需要增置新的机构。其中有职工教育办公室（后改为成人教育办公室）、科研成果管理科、科研计划管理科、学生工作办公室（后改为学生工作处）、研究生科、基建办公室（后改为基建维修科）、外事办公室、生活服务科、工资福利科、退休教职工管理科、综合档案室等。1990年，学院县处级行政机构有院长办公室、人事处、教务处、总务处、科研处、学生工作处，外事办公室、图书馆、基础部、临床医学系、口腔医学系、预防医学系、附属医院，院直属行政机构有财务科、保卫科、派出所、行政监察室、马列主义教研室、体育教研室、附属中学、附属小学等。

   为了适应社会主义市场经济体制下的高等教育改革和发展的需要，贯彻落实党的十五大和全国人大九届一次会议精神，实施我校第八届党代会关于抓好“两项”改革的决定。根据自治区高校工委、教育厅桂教[1998]004号文精神，经校党委会研究，在我校现有的办学规模和人员编制基础上，进一步挖掘学校内部潜力，深化机构设置和内部人事管理体制改革。坚持机构设置精干、协调、高效，严格控制机构编制膨胀的原则；坚持重点保证教学、科研第一线的人员编制，压缩管理、后勤服务二线人员编制的原则，优化配置人力资源，科学合理地确定各类人员的编制比例。现决定把全校党政管理机构由19个调整为12个，撤销广西医科大学基础部、预防医学系、临床医学系和口腔医学系，分别成立相应的4个二级学院。加强二级管理，增强学校的办学活力，提高办学效益和办学水平。建设一支素质优良、结构合理、精干高效的教职工队伍，促进我校教育事业的改革与发展。

全校中层领导机构设置如下：

   一、党政管理机构：

     1.中共广西医科大学纪律检查委员会、广西医科大学监察室、审计科合署办公

    2.广西医科大学办公室（党办、校办、国际交流处）

    3.中共广西医科大学委员会组织部、统战部，广西医科大学人事处合署办公

    4.中共广西医科大学委员会宣传部

    5.广西医科大学教务处、研究生处合署办公

    6.广西医科大学科研处

    7.广西医科大学财务处

    8.广西医科大学保卫处、武装部合署办公

    9.广西医科大学总务处

    10.广西医科大学离退休工作管理处

    11.广西医科大学学生工作部（处）、共青团广西医科大学委员会合署办公

    12.中国教育工会广西医科大学委员会

    二、教学机构：

    1.广西医科大学基础医学院

    2.广西医科大学公共卫生学院

    3.广西医科大学第一临床医学院（第一附属医院）

    4.广西医科大学口腔医学院（附属口腔医院）

    5.广西医科大学成人教育学院

    6.广西医科大学人文社会科学部

    7.广西医科大学图书馆

    三、附属单位：

    1、广西医科大学附属肿瘤医院

    2、广西医科大学附设护理学院

    3、广西医科大学第二附属医院（在建）

    4、广西医科大学第三附属医院（非直属）

    5、广西医科大学第四附属医院（非直属）

    6、广西医科大学第五附属医院（非直属）

    7、广西医科大学第六附属医院（非直属）